Pepillo Salcedo está localizado junto a la frontera con la República de Haití, en la desembocadura del río Masacre. Su territorio posee una superficie de 149,32 km². Limita al Norte con la bahía de Manzanillo y con las secciones de Los Conucos y La Recta de Sanita, al Sur con la sección Cañongo y los parajes Cayuco y Palo Blanco, todos ellos pertenecientes a la provincia de Dajabón, al Este con la sección La Pinta y los parajes Clavelina e Higuero.